根據醫院的規模、性質和處理污水排放去向，進行工藝選擇。根據醫院分類，分為傳染病醫院和綜合醫院。醫院污水處理后排放去向分為排入自然水體和通過市政下水道排入城市污水處理廠兩類。醫院污水處理所用工藝必須確保處理出水達標，主要采用的三種工藝有：加強處理效果的一級處理、二級處理和簡易生化處理。
醫院污水處理成套設備在開機前做如下檢查工作：檢查污水處理一體化設備的風機油位是否正常，轉動是否靈活，地腳螺栓有無松動，開機前須將潤滑油加至標準油位，地腳螺栓須緊固，用手轉動風機應無沉重感及異常響動，風機轉動方向須與運行方向一致。
醫院各部門的功能、設施和人員組成情況不同，產生污水的主要部門和設施有：診療室、化驗室、病房、洗衣房、X光照像洗印、動物房、同位素診斷、手術室等排水。醫院行政管理和醫務人員排放的生活污水，食堂、單身宿舍、家屬宿舍排水。不同部門科室產生的污水成分和水量各不相同，如重金屬廢水、含油廢水、洗印廢水、放射性廢水等。而且不同性質醫院產生的污水也有很大不同。醫院污水較一般生活污水排放情況復雜。
醫院污水處理成套設備的選擇方案原則：在篩選多種治理方案的前提下，合理選定設計方案，減少工程造價，減少建設投資，減少運行費用，主體工藝路線盡量采用自流方式，減少動力消耗，節約能源；本著切合實際，經濟合理，安全適用的原則，采用成熟的工藝，增加工藝含量，完善節能措施。
