醫院的污水，除一般生活污水外，還含有化學物質、放射性廢水和病原體。因此，必須經過處理后才能排放，特別是肝炎等傳染病病房排出來的污水，須經消毒后才可排放。
鄉鎮衛生院污水處理設備采用國際生物處理工藝，在總結國內外生活廢水處理裝置的運行經驗的基礎上，結合自己的科研成果和工程實踐，設計出一種可地埋設置的成套有機廢水處理裝置，集去除BOD5、COD、NH3-N于一身，具有技術性能穩定可靠、處理效果好、投資省、自動化運行、維護操作方便、不占地表面積、不需蓋房、不需采暖保溫等優點。地面之上可種花種草，不影響周圍環境。
鄉鎮衛生院污水處理設備工藝的具體思路如下：
①預處理：
首先通過格柵攔截，主要作用是去除污水中較大的懸浮或漂浮物，以減輕后續水處理工藝的處理負荷，并起到保護水泵、管道、儀表等作用。接著由提升泵定量提升至調節池進行水質水量的調節。
②二級處理：
經調節后的污水通過生物接觸氧化法及MBR進行二級處理。
在生化處理系統中利用生物膜的作用使有機污染物首先轉化為氨氮，同時通過好氧硝化和缺氧反硝化過程既去除有機物又去除了氨氮。生化池配以新型的高密型彈性立體填料，該填料具有負荷高、施工簡易、體積小、運行穩定可靠、管理方便、維修更換方便等優點。
污水經生化處理后進入MBR膜池進行固液分離，污泥部分經污泥回流進入缺氧池進行脫氮除磷，上清液經溢流流入中間水池。
③消毒處理
污水進入消毒池，進行消毒處理，經消毒處理后能確保污水經處理后各項指標全部達標。
④污泥處理
沉淀池污泥回流后的剩余污泥經簡單的濃縮消化，然后定期外運。
